Si on s'est tant servi de la boussole durant des siècles, c'est parce qu'elle était pratique, je suppose. Sur une planète à la polarité inversée, ce ne serait sans doute pas l'instrument le plus adapté effectivement.
Deux réponses ici.
1) J'ai fait de la course d'orientation, il y a longtemps. Lors d'un mouvement terrestre, la boussole permet de se repérer à l'aide d'une carte, à partir des repères que l'on peut trouver dans le décor. C'est assez pratique, mais se retrouver largué dans un décor inconnu et/ou sans carte rend la boussole essentiellement inutile, je dirais.
Sur la mer, la boussole n'est pas suffisante, il faut des repères fixes (qui étaient les étoiles). Donc, à la maîtrise de la boussole s'ajoutait celle du sextant et quelques notions de trigonométrie, je suppose. Un bon navigateur marin devait être un homme instruit, et précieux.
(anecdote au passage : les Jésuites, grands missionnaires et donc voyageurs, utilisaient l'hypothèse que la Terre était ronde et tournait autour du Soleil dans leurs calculs de navigation... A la même époque où l'Église combattaient farouchement les théories coperniciennes
L'idéologie et le sens pratique chacun dans leur domaine bien cloisonné, en somme)
2) Peu importe que la polarité soit inversée ; les pôles nord et sud sont inversés ? Il suffit de colorier en rouge l'autre extrémité de l'aimant
Par contre, là où il n'existe pas de champ magnétique, ou trop faible, ou là où des perturbations magnétiques locales interviennent (sols ferreux ? Je suppose, je ne sais pas vraiment, honnêtement), la boussole devient essentiellement inutile.