J'avoue que j'ai un peu de mal à voir ce que tu veux dire avec ton histoire de commentaires... En quoi faire des commentaires sur une oeuvre préexistante peut-il poser problème en matière de copyright ? On le fait tout le temps, c'est le métier de certaines personnes et diable ! les personnages eux-mêmes ont le droit d'avoir un avis, non ?
Après, si j'ai bien compris, ton problème est que tu mentionnes des histoires ou tu fais apparaître des histoires connues (type Star Wars ou FFVI), sans préciser qu'il s'agit vraiment de ces histoires. En ce cas, il s'agit de clins d'oeil, laissés-là en espérant que le lecteur les trouve, non ? Beaucoup d'autres oeuvres le font (exemple : Le règne du feu).
De manière générale, je vais te répéter ce qu'un ami spécialisé dans le copyright m'a dit. Première chose à savoir, n'est jamais punie la reprise du fond, seulement de la forme. En gros, tu as le droit d'écrire une histoire qui ressemble à une autre, tant que tu la raconte différemment. Tu n'as pas le droit de dire qu'il y a des Jedi dans ton oeuvre, tu as le droit de dire qu'il y a un ordre de chevaliers galactiques qui combattent des chevaliers corrompus. L'épée laser est proscrite, mais pas l'épée lumineuse ! (J'exagère un peu, mais en gros, c'est ça). On va te sanctionner surtout si tu reprends à ton compte la production de quelqu'un d'autre. Genre que tu tournes un film de science fiction et que tu intercales des images de Star Wars pour compléter certaines scènes (parce que tu n'avais pas les moyens de tourner dans l'espace, toi), ou de reprendre des passages entiers d'un livre en les insérant dans ta narration comme si tu les avaient écris, sans mentionner qu'ils ne sont pas de toi.
Pour ce qui est des univers, c'est la même chose. Nul n'a le monopole de l'espace, des vaisseaux qui vont plus vite que la lumière, mais si tu les appelles "Normandy" ou "Millenium Falcon", tu risques d'avoir des soucis. Encore une fois, la forme, pas le fond. Si ton univers est trop similaire à un autre, on peut effectivement t'accuser de plagiat, mais dans la mesure où tout n'est pas exactement pareil... Je vois pas trop en quoi on pourrait te condamner... Surtout si tu changes les noms.
En revanche, ce qui est sûr, c'est que tu as parfaitement le droit à tous les clins d'oeil, toutes les références, toutes les citations etc que tu veux. Au contraire, quelqu'un m'a même dit un jour qu'une oeuvre devenait "classique", lorsqu'elle était mentionnée par d'autre personnages dans d'autres oeuvres. Combien de personnages de fiction sont fan de Star Wars, ou d'Harry Potter ? Et je ne parle même pas du droit à la parodie, au pastiche etc etc.
Il y a effectivement une question de copyright quand tu veux faire (en gros) une fan fiction revendiquée : type spin off, prequel etc. Là, il faut effectivement l'autorisation de l'auteur ou des ayants-droit. Mais bon, s'ils te contestent ce droit, je sais aussi que tu peux faire appel en justice et que c'est pas dit que ce soit eux qui gagnent, alors...
Donc, à mon avis, dans ton cas, tu n'as pas du tout à t'en faire
Edit : En relisant ton titre, je me suis aperçu que je n'avais rien dit sur les personnages. Je ne crois pas qu'il soit interdit de reprendre l'idée d'un personnage. En revanche, si tu reprends un personnage entier (nom, physique, caractère etc), sans dire d'où il vient, comme si tu l'avais toi même créé, là c'est un problème. Après, il est aussi fondamentalement impossible de copier totalement un personnage sous toutes ses coutures, vu que sa définition est intrinsèque au récit dans lequel il apparaît. Cela dit, s'il est assumé que tu fais intervenir un personnage venu d'un autre univers dans le tien... exemple : Darth Vader sort de la télé pour s'immiscer dans ta vie, je ne crois pas que tu aies de soucis non plus...